經此一戰，八旗勁旅戰無不勝的神話，被鄭成功徹底打破

只能說，清朝八旗損失太大，京城防守變得空虛了，只得從外地抽調兵力，這就導致清軍無法守住舟山，無奈只得選擇放棄。

反觀鄭成功，在取得廈門海大捷之後，穩固了以廈門和金門為中心的抗清基地，開始將注意力轉到海上，一舉從荷蘭人手上收復台灣，從而解決了後勤補給問題，使得抗清得以繼續下去。

隨著清朝東南水師損失殆盡，沿海防守也變得空虛，為了防止鄭成功襲擾，清朝頒布了嚴格的遷海令，下令沿海百姓內遷50里，並摧毀所有房屋，幾乎是堅壁清野了。

清朝的注意力也開始轉向西南，由於沒有八旗兵可派，清朝只能讓吳三桂的部隊進入雲南，與李定國作戰，防止永曆帝發起反撲。

對於鄭成功，清朝則放棄繼續用八旗兵圍剿，轉而讓耿繼茂率部從廣東進入福建，試圖用漢人對付漢人，但耿繼茂顯然不願意當冤大頭，反而趁機經營福建，將福建變成自己的領地，這樣三藩就徹底形成了。

再說清朝內部，由於歷史遺留問題，兩白旗與兩黃旗鬥爭一直比較激烈，難分勝負。

但在廈門海戰中，兩白旗損失大半，兩黃旗損失則很小，這就導致平衡被打破，兩黃旗開始取得絕對優勢，日後鰲拜之所以能獨攬大權，跟這件事就有很大的關係。

當然了，最痛心的當屬順治帝，在雲南攻打南明時，八旗兵在磨盤山之戰中被李定國大敗，現在八旗兵又在廈門海戰中慘敗，導致八旗精銳損失過大，統治根基動搖，對漢人的依賴比以往任何時候都大。

順治帝明知道三藩危害極大，卻依然要錢給錢，要兵給兵，還不是因為八旗損失太大，需要時間恢復，只能先用漢人對付漢人，等國家統一之後，再想辦法除掉三藩。

由於局勢對順治帝的統治不利，他心情非常不好，再加上董鄂妃的去世，他再次遭受打擊，幾個月之後就去世了。

康熙帝在四大輔臣的擁護下繼位後，出身兩白旗的蘇克薩哈為了泄憤，不顧阻攔下令處死了鄭成功之父鄭芝龍，導致清朝對鄭成功和鄭經的詔降難度增大，雙方又敵對了二十多年。

不過，從大局來看，受到南京之戰失利的影響，鄭成功的實力其實已經被削弱，廈門海戰雖然取得勝利，也只是穩固了防守而已，並沒有能力繼續進攻清朝，這才轉而經營台灣金澎等地。

但是，台灣也不能救鄭氏政權的命，康熙帝繼位二十年後，已經恢復元氣的清軍，一舉攻下了台灣。